循环过滤系统是一种过滤超声波清洗槽所使用的清洗剂的装置。循环过滤器可以去除从被清洗部件中去除的金属碎屑和细粉、燃烧的碳或其他颗粒残留物。循环过滤系统可以延长所用清洗液的整体使用寿命，减少污染物在清洗液中重新沉积到零件上的可能性，并减少对超声波清洗机槽的维护。循环过滤器可去除清洗液中的颗粒，从而延长使用时间并减少对清洗槽的维护。循环过滤超声波清洗机必须经过合适设计才能最有效地工作。必须注意减少超声波清洗机槽中过滤系统产生的液体流动，以尽量避免因液体流动而造成消除超声波清洗能力。因此，超声波清洗机的过滤系统通常仅在部件未清洗时才运行。清洗后运行也会照成液体中的空气增加从而削弱超声波清洗能力。

超声脱气法，随着超声波清洗机的普及，已经广泛为实验室所采用；在液相中，也常用此方法进行脱气处理。采用超声脱气法，需要用适合体积的烧杯、三角瓶等装纯水置入超声槽中进行脱气处理，等待时间相对较长。此外脱气量的多少容易受超声波清洗机超声槽的大小限制。