超声波脱气：将配制好的流动相连容器放入超声清洗器水槽中脱气10～20min。这种方法比较简便，又基本上能满足日常分析操作的要求，所以，目前仍广泛采用。这种方法只能除去30%的溶解气体，有时还会引起气体溶解度的增加。对氧敏感的检测器不宜用此法。超声波脱气比较好，10~20分钟的超声处理对许多有机溶剂或有机溶剂/水混合液的脱气是足够了（一般500ml溶液需超声20~30min方可），关于超声波脱气时间问题众说纷纭，各实验室内5～30分钟不等，一般来说流动相组成为无机（缓冲盐溶液）时，5～15分钟即可，流动相为是水和有机容积混合时，超声脱气时间要相对长一些，这个方法只能除去30%的溶解气体，时间的延长不和效果成正比，且其中气泡对色谱峰基线稳定性与信噪比有一定影响，一般来说影响不大，15min超声即可足够。此法不影响溶剂组成。使用超声清洗器脱气时应注意避免溶剂瓶与超声波清洗器槽底部或壁接触，以免玻璃瓶破裂，容器内液面不要高出水面太多。

有机相超声脱气时温度控制很关键。多数有机溶剂在超声过程中会发热，温度过高可能改变溶液性质或引发危险。建议将超声波清洗仪温度控制在25-30℃之间，对于易挥发或易燃的有机溶剂更应严格控制。若超声波清洗仪器无温控功能，可采用间歇超声工作方式，避免溶液过热。流动相超声波清洗仪器脱气需要盖盖子吗？超声处理时盖子的松紧程度直接影响实验安全与效果。流动相超声时，建议将盖子轻轻拧上但不要完全拧紧，留出适当缝隙。这样既能防止溶剂挥发，又能避免超声波产生的压力导致容器破裂。有机相超声同样需要盖盖子，但同样不宜拧得过紧，尤其是挥发性较强的有机溶剂更需注意。